Комитет по питанию AHA предполагает, что высокое потребление протеинов может оказывать разрушающее воздействие на работу печени. Однако научных подтверждений данного предположения не имеется. Протеин необходим не только для восстановления тканей печени, но и для образования липотропных агентов: метионина и холина, способствующих превращению жиров в липопротеины для выведения их из печени и предотвращения, таким образом, ее жировой инфильтрации.

Грызуны, которым давали большие количества протеинов, демонстрировали морфологические изменения в печеночных митохондриях, которые могут оказаться патологическими. Однако, по данным Йорда и др. (Jorda et al), печень отвечает на увеличение протеина в рационе увеличением размера нормально функционирующей митохондрии. Более того, соотношение количества аминокислот с разветвленной цепочкой к ароматическим аминокислотам при этом также увеличивалось, свидетельствуя об отсутствии у подопытных животных печеночной недостаточности. Авторы сделали вывод, что: "…увеличение содержания протеинов в рационе приводит к быстрому увеличению некоторых показателей гепатоцитов… Представленные результаты являются наглядным примером того, как гепатоциты приспосабливаются к продолжительным метаболическим стрессам…" Далее, катаболизм протеинов при заболевании печени увеличивается, и недостаток протеинов в рационе способен усугубить этот процесс. При алкоголическом циррозепечени высококалорийная диета с высоким содержанием SNR Диета протеинов способствовала улучшению функции печени и снижала риск летального исхода. Во время одного из исследований данного результата удалось достичь благодаря добавлению к обычному суточному рациону 60 г протеина и 1 600 ккал в течение первых 30 дней, с последующим снижением до 45 г протеина и 1 200 ккал в течение следующих 60 дней.

Объясняется эта опасность тем, что если побочные продукты метаболизма протеинов перерабатываются печенью, то продолжительное потребление высокого количества протеина перегружает их и в конечном итоге приводит к заболеваниям. Если у этих органов уже имеется какая-либо патология, то действительно протеин будет для них вреден.